Према одлуци Владе Републике Србије, Централни институт за конзервацију се налази у оснивачкој фази.

Након изласка из оснивачке фазе, oрганe и стручна тела Централног института за конзервацију чиниће:

• Управни одбор, кога сачињава осам чланова (четири члана предлаже Влада, а четири су из редова запослених у ЦИК-у). Мандат Управног одбора траје четири године.
• Надзорни одбор
• Директор, кога поставља Управни одбор на основу конкурса.
• Научно веће, чији су чланови најкомпетентнији експерти; бави се креирањем научних програма, оцењивањем научних пројеката, и предлагањем истраживача у звања.
• Колегијум, у коме су руководиоци свих сектора ЦИК-а.

Управни надзор над пословањем и реализацијом програма врши Министарство културе Републике Србије, а предвиђено је да надзор над научноистраживачким радом врши Министарство за науку и технолошки развој Републике Србије.